وبينما هو على هذه الحال مات أستاذه سنة (1205هـ-1790م) فحزن عليه حزنًا شديدًا، لكنه لم ييأس بل صمم على تكملة سيرته، فأخذ يكتب كل ما يراه ويشاهده، ويسجل كل صغيرة وكبيرة ومضت الأيام، وجاءت الحملة الفرنسية إلى مصر، فكتب عنها بحياد تام وسجل يومياته أولاً بأول في كتابه (مظهر التقديس بزوال دولة الفرنسيس) وكتب عما ارتكبه الفرنسيون من تدمير ونسف وقتل، وما أمطروا به المساجد والأسواق والمنازل من قنابل أدت إلى موت الكثيرين من أبناء الشعب المصري، لكنه يغض الطرف عن بعض مزايا الفرنسيين مثل حبهم للعلم والعمل واحترامهم للقانون.
وكتب (عبد الرحمن الجبرتي) عن المماليك وكيف أن بعضهم كانوا ينهبون ويقتلون ويخطفون الغلمان والنساء، ويسرقون الحلي من صدور النساء، كتب كل ذلك دون أن يجامل أحدًا منهم، بالرغم من أنه كانت تربطه بهم روابط صداقة، فلم يكن كتابه مجاملة لأمير أو طاعة لوزير، ومضى عهد الفرنسيين وتولى (محمد علي) أمور الدولة فكتب (الجبرتي) بكل جرأة عن الغلاء الفاحش في عهد (محمد علي) وعن مصادرة الأموال، وانتهاك الحرمات، والسطو على المتاجر والمصانع، كما ندَّد بالطغاة
أمثال: (سليمان أغا السلحدار) و(محمد الدفتردار) من أتباع الوالي، ومع ذلك لم يغفل ما قام به (محمد علي) من أعمال مفيدة كإنشاء المصانع وبناء السفن وتشجيع العلماء وسجل ذلك كله في كتابه (عجائب الآثار في التراجم والأخبار).
وانتشر ما كتبه الجبرتي عن هؤلاء الظلمة، على ألسنة الناس فتربصوا به، وحاولوا النيل منه، فقتلوا ابنه خليلاً في سنة 1237هـ، وتوقف بعدها الجبرتي عن الكتابة، وحزن على ابنه حزنًا شديدًا، حتى فقد بصره ومات عام 1241هـ/1825م.